Cotone, florido castello sotto i suoi feudatari fino al XIV secolo e passato sotto la signoria di Siena nel 1378, non soffrì mai di malaria, essendo posto in area collinare; la sua decadenza si lega proprio al malgoverno senese, alla sciagurata vendita delle principali bandite comunali a famiglie magnatizie di Siena, così che vennero a mancare alla popolazione terre sufficienti per l’agricoltura ed entrate sufficienti alla Comunità, sempre più indebitata.